“Bioinformatics clusterfuck”, o “ya tengo tema para el PFC”

Después de intercambiar unos mails estos días, finalmente hoy me he reunido con el responsable de mi proyecto. Jueves, 21 de Septiembre.
La situación ha cambiado mucho desde la primera vez.

  • Al principio, iba a hacer lago en un departamento, con un compañero valenciano. Esto se descartó.
  • Más adelante me ofrecieron trabajar en Liquiline. Se trataba de desarrollar un módulo para una aplicación web: la tarea consistiría en diseñar e implementar una BD que guarda información medioambiental, así como implementar una UI de entrada de datos y un método de salida de reports. Vamos, el típico PHP+MySQL.
  • Finalmente me han propuesto un proyecto mucho mejor. Un proyecto para el BCCS (Bergen Center for Computational Science). Se trata de un departamento de investigación de biología, tienen un cluster de ordenadores y necesitan “algo” para repartir las tareas al cluster. No necesitan Globus ni nada tan potente (dicen que los físicos sí que necesitan sistemas tan complejos como Globus, pero que ellos no requieren tanta complejidad, es matar moscas a cañonazos). Así que lo tienen pensado como webservice: habrá que desarrollar en Java+Pyhton, un montón de scripting y una pizca de XML 🙂

Desde luego este proyecto me apasiona mucho más. Jugar con un PHP+MySQL es algo que puedo hacer en casa en los ratos libres xD, me habría decepcionado un poco venir a Bergen a hacer algo tan simple. Qué le vamos a hacer, me gusta que me lo pongan difícil, debo ser masoquista ¬¬. En cambio esto es mucho más apasionante: marranear con la administración de un cluster para aplicaciones bioinformáticas, ¡mola! 😀

Detalles

Entremos en detalles. Esta mañana he ido a hablar con el responsable de mi proyecto (Carsten, el director del departamento de informática de la HIB), y me ha dicho que tenía un proyecto nuevo, y me ha llevado a otro edificio, el Bergen High Technology Centre de la UIB. La UIB (Universitet i Bergen) es otra universidad, con la que la mía (HIB) tiene relaciones. Marian estudia en la UIB, en ese mismo edificio.

Hemos ido a la quinta planta. Allí he conocido a Jan. Supongo que él va a ser el director de mi proyecto, ya que vamos a trabajar en lo mismo (es un proyecto donde necesitan ayuda). Me ha invitado a un café, hemos estado charlando un rato, y me ha puesto al día.

Nos volveremos a ver en un par de semanas, cuando haya acabado mis otras clases. Estaré un mes “aprendiendo”, y entonces empezará lo bueno :-D. Y voy a tener un despacho para mí, en la misma quinta planta (Marian tiene sus clases en la cuarta planta, así que nos vamos a ver todavía más :-*)

Background

Lo que me piden para el proyecto, y mi experiencia:

  • Java. He programado en Java, hace años, ya no me acuerdo de mucho xD
  • Python. He juankeado algunos scripts de python, sin tener ni idea del lenguaje. Ahora lo tendré que aprender “formalmente”, pero no hay problema, es muy fácil. Me mola el scripting.
  • PBS: ni idea de lo que es esto. Tiene que ver con los clusters. Ya veremos.
  • Webservices: lo conozco a nivel teórico, soy incapaz de recordar si he llegado a hacer algo práctico o no xD. Jan dice que lo que tengo es suficiente.

Así que lo que más me gusta es el scripting, y lo que menos el Java. Esto es perfecto, dice Jan, puesto que a él le ocurre lo contrario: se le da muy bien la parte de Java, pero no le gusta el scripting. Nos vamos a llevar muy bien 🙂

5 comentarios en ““Bioinformatics clusterfuck”, o “ya tengo tema para el PFC”

  1. Taikochu

    Pues te ha venido todo redondo cogjones. Enhorabuena y lo del PBS parece ser un tipo de protocolo de clustering. Un saludo!

  2. OrbZ

    ¡Enhorabuena por el proyecto tio!

    Python lo probé hace algunos meses; me picó la curiosidad de los lenguajes interpretados después de tocar el ML en clase. La verdad, desconozco hasta donde llega su potencial, hice un par de scripts chorras y lo usé a modo de calculadora (lo prefiero a aprender a programar la de mano x’D).

    ¡Espero que te entusiasme!

  3. Javi

    Hola, solo un consejillo, no se te ocurra usar OpenPBS ni torque ni nada parecido, funciona como el culo. Mejor usa SGE (Sun Grid Engine)

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